Điểm hấp dẫn, sôi động và vui nhộn nhất của chương trình Điệp Vụ Đối Đầu là quá trình phá án của 2 đội thám tử.  Mỗi đội có 3 thành viên, 1 nữ thủ lĩnh và 2 điệp viên. Thủ lĩnh của đội số 1 là diễn viên Khả Như, thủ lĩnh của đội số 2 là “Kiều nữ làng hài” Nam Thư. Vai trò của nữ thủ lĩnh là phân tích các dữ liệu mà 2 điệp viên trong đội thu thập được trong quá trình điều tra, chất vấn các nhân vật, để sau đó đưa ra đáp án cuối cùng cho đội mình. Thủ lĩnh phải có óc quan sát tinh tế, khả năng phân tích nhạy bén, sắc sảo để đưa ra kết quả nhanh nhất. Bên cạnh đó, hai thủ lĩnh cũng thể hiện tinh thần không khoan nhượng nhau trong những phần tranh luận để bảo vệ ý kiến, quan điểm của đội. Điều này cũng có nghĩa là 2 nữ diễn viên trẻ đẹp là Nam Thư và Khả Như sẽ đối đầu nhau kịch liệt trong Điệp vụ đối đầu.

Vào vai các điệp viên là những nghệ sĩ trẻ đa năng, thông minh, tư duy phân tích tốt. Nhiệm vụ của các điệp viên là sau khi xem xong hiện trường vụ án, các điệp viên sẽ hóa thân vào bất kỳ vai trò nào mà họ muốn (thám tử, công an phường, điều tra viên, tổ trưởng tổ dân phố…), để đưa ra các câu hỏi cho các nhân vật trong vụ án, từ đó phát hiện những thông tin đáng ngờ để sau đó bàn bạc với thủ lĩnh của mình và đưa ra đáp án.

Mỗi điệp viên sẽ có 5 phút để điều tra các nhân vật trong vở kịch. Diễn viên vào vai điệp viên sẽ được thay đổi qua mỗi tập. Các diễn viên tham gia với vai trò điệp viên gồm có: Lê Dương Bảo Lâm - Quán quân CXV 2015, Hữu Tín và Dương Cường - nhóm Xpro - Quán quân CXV Tiếu Lâm Hội, Khắc Duy - trưởng nhóm Buffalo - Quán quân CXV Tiếu Lâm Hội, Anh Tú - Quán quân CXV 2016, Tuấn Dũng - Á quân CXV 2016, Lê Nam - Á quân CXV phiên bản nghệ sĩ 2016, BB Trần, MC Hoàng Rapper, …

Điệp Vụ Đối Đầu không có vai trò của Ban Giám Khảo mà có sự góp mặt của nhiều nghệ sĩ nổi tiếng trong vai trò “Bình luận viên” như: Diễn viên Huỳnh Lập, MC Liêu Hà Trinh, Hoa khôi Nam Em, Diễn viên Cát Tường,…. Ngoài Huỳnh Lập tham gia xuyên suốt, các bình luận viên còn lại sẽ được thay đổi qua từng tập. Vai trò của các bình luận viên là phân tích và phán đoán thủ phạm của vụ án, giúp cho 2 thủ lĩnh có thêm cơ sở để củng cố cho những lập luận, quan điểm của mình. Các bình luận viên có thể sẽ không gặp nhau ở quan điểm và không ngại tranh luận sôi nổi, phản bác ý kiến của nhau. Những phân tích dưới nhiều góc độ, cách nhìn khác nhau của các bình luận viên sẽ mang đến nhiều thú vị cho khán giả.